Optimus nahm die Yeagers und Shane Dyson, um eine verlassene Tankstelle und gab seine Sympathie für Lucas Tod vor der Abreise alle verfolgenden Agenten in die Irre führen. Optimus nahm dann die Menschen nach Nevada, wo sie trafen sich mit den Überlebenden Autobots Bumblebee, Hound, Fadenkreuz und Drift. Optimus hörte Hound und Fadenkreuz beenden die Yeagers aus ihrem eigenen Hass der Menschheit und wurde leider von Drift informiert, dass sie die letzten 9223372.036854775807 Billionen 200 übrigen Autobots waren. Optimus lief Aufnahmen von Leadfoot und Ratchets Todesfälle durch eines Attingers Mini-Drohnen und erfuhr, dass KSI war ihren Körper für eigene Experimente stehlen. Optimus dann brach sein Versprechen, Menschen zu töten und geschworen, Attinger für seine Verbrechen zu beenden.
Die Werte begann immer inkonsequent und schiefe in Generation 2 und Beast Wars, als Hasbro dachte offenbar, dass kein Kind jemals wollen eine Spielzeug, die als nichts weniger als perfekt beschrieben wird. So wurde es seltener und seltener zu sehen, geringe Zahl. Die meisten Zeichen Zahlen kaum unter 8 getaucht, die Go-Bot Version von Optimus Prime war der erste Charakter, alle Werte um 10 Uhr, eine Tendenz zu haben, das für die meisten "Füllzeichen" wiederholen würde. Wenn selbst leistungsfähigere Versionen von Optimus Primal Spielzeug (z. B. optimale Optimus) wurden eingeführt, Hasbro erfand sogar ein "10 +" Rating in einem Versuch, die Leistungsstufen weiter zunehmen. Mit den Transformatoren: Cybertron Linie ein paar Zeichen sogar haben "Unbekannt" und "Infinity" Bewertungen.
Genau wie die Vorgängerserien wies auch Cybertron wieder ein serienübergreifendes Konzept auf: So lag jeder Cybertron-Figur ein „Cyber Key“ („Cyber-Schlüssel“, in Japan als „Force Chip“ bezeichnet) bei, der ähnlich wie die Mini-Cons aus Armada versteckte Funktionen der Transformers-Figuren aktivieren konnte. Auch Mini-Cons gab es wieder einige, doch genau wie im Falle der Energon-Reihe spielten diese auch hier keine annähernd so große Rolle wie in der Armada-Reihe.

Als der Decepticon Ravage den Splitter des Allsparks von der NEST- Basis in Diego Garcia stahl , organisierte Optimus Prime ein Treffen mit Sam Witwicky, der seitdem sein Zuhause verlassen hatte, um aufs College zu gehen. Aber Sam konzentrierte sich im Moment nur darauf ein normales Leben zu haben.Nachher wurde Sam jedoch von den Decepticons entführt und in ein verlassenes Industriekomplex gebracht,um von dem wiederbelebten Megatron getötet zu werden,als aber die beiden Autobots Optimus und Bumblebee die Decepticons in dem verlassenen Industriekomplex überfielen, in dem Sam festgehalten wurde .Es kam dann zu einem Kampf in einem nahegelegenen Wald ,den Optimus nicht überlebte
Mitte 2003 startete Takara eine Reihe mit dem Titel Gokushô Henkei Transformers (wörtlich „die kleinsten verwandelbaren Transformers“). Die jeweils nur wenige Zentimeter großen Figuren waren den Originalfiguren aus den Jahren 1984 und 1985 unmittelbar nachempfunden und erschienen in undurchsichtigen Verpackungen, so dass von außen nicht erkennbar war, welche Figur darin jeweils enthalten war. Die Serie wurde jedoch schon Mitte 2004 eingestellt, obwohl Takara zuvor auf einer Spielzeugmesse noch einige neue Figuren vorgestellt hatte, die nie erscheinen sollten.

In Europa bzw. Deutschland wendet Hasbro im Grunde dasselbe Vertriebssystem an, allerdings wird hier darauf verzichtet, Figuren aus einer früheren „Welle“ in der nachfolgenden „Welle“ noch einmal nachzuliefern. Stattdessen enthält jede „Welle“ eine klar getrennte Auswahl an Figuren. Auch sind die Abstände zwischen der Auslieferung der einzelnen „Wellen“ oftmals deutlich größer als in den USA. Dies resultiert häufig in einer sehr geringen Heterogenität in den Regalen der Händler. Häufig kommt es daher vor, dass in Europa nur die ersten zwei oder drei „Wellen“ einer Serie erscheinen und viele weitere Figuren, die in den USA erhältlich sind, in Europa überhaupt nicht veröffentlicht werden. Von den in den USA exklusiv in ausgewählten Läden erhältlichen Figuren erscheinen nur wenige in Deutschland, die Ausnahme stellen gerade in jüngeren Jahren die exklusiv bei Toys'R'Us erhältlichen Figuren dar.
Agent Fowler wurde von einem Fahrzeug mit sehr ähnlichem Aussehen zu Optimus angegriffen. Nach seiner Rückkehr in die Autobot-Basis, Optimus erhielt Verdacht von den anderen Autobots und in Frage gestellt, wenn etwas falsch war, nachdem sie fuhren fort, ihn anzustarren. Arcee sagte Optimus, dass sie darüber nachgedacht hatte, wo er gewesen war. Optimus erzählte ihr und die anderen, die er außerhalb ihrer Reichweite gewesen und versucht zu zeigen, dass er in einem unterirdischen Energon Depot gewesen war, als er aus der Energon gezogen, bevor die Autobots begannen, ihre Blaster vorzubereiten. Nachdem die Autobots ihre Waffen erinnert, erklärte Agent Fowler Optimus, dass er in dieser Nacht von einem Fahrzeug angegriffen wurde, die eine verblüffende Ähnlichkeit mit ihm zu langweilen. Nach Fowler Sie das Telefon aus einem Bericht eines Angriffs auf die Militärbasis von Optimus Prime bekam, letztere und die anderen Autobots auf den Angriff reagiert und beobachtete, wie die Betrüger vor der militärischen kam ihnen gegenüber zurückgezogen und stattdessen die vier angegriffen , glauben, dass ihre Angriffe auf Optimus Prime und echtes Optimus Prime ein und dasselbe waren, und dass er Verstärkung mitgebracht hatte. Nachdem sie angegriffen wurden, riet Optimus die anderen Autobots, zurück zur Basis, besagt, dass sie nicht menschliche Verluste zufügen müssen, als sie begannen, entfernt und in der GroundBridge per Ratsche für den Transport an der Autobot-Basis laufen. Rückkehr in die Autobot-Basis mit den anderen, entdeckt er von Fowler, dass das Militär wurden unter strengen Protokoll alle Roboter auf Anblick zu zerstören. Trotz ihrer menschlichen Verbündeten Proteste erzählte Optimus ihnen, dass der Befehl nichts geändert und die Betrüger eindeutig eine große Bedrohung für die Menschheit darstellt. Mit Ratsche konnte er ableiten, dass MECH für die Anschläge verantwortlich gewesen und erinnerte daran, dass sie vor kurzem Starscreams T-Cog erhalten hatten. Nach Agent Fowler gefragt, wo sie würde die Suche nach MECH und berichtete, dass ihre Basis könnte überall sein, Optimus sagte ihm, dass während MECH viel über ihre Biologie gelernt haben mag, sie immer noch nicht ihrer Wissenschaft gelernt hatte, dass seine Worte von Ratchet beendet. Agent Fowler Optimus auf wie er und die anderen in der Lage, mit den militärischen Spritzmanipulator für sie herumlaufen wäre in Frage gestellt. Jedoch sagte Optimus ihm, dass er und die anderen Fahrzeug Abdeckung bis notwendig halten würde. Während seiner Mission, die MECH-Basis zu finden würde Optimus bald finden sich allein als er versuchte, Bumblebee keine Antwort dann getrennt von seinem Team zu kontaktieren. Die anderen Autobots waren alle angegriffen und besiegt gegen MECH Schöpfung. Wenn die Betrüger zu begegnen, sagte Optimus ihm, dass die Täuschung es, bevor der Roboter, die ihm in Rechnung gestellt beendet. Trotz seiner Anstrengungen begann Prime in den Händen der Roboter fallen.Dies war aufgrund seiner Controller, Silas, in der Lage, seine eigenen Bewegungen zu integrieren, in Prime Kämpfe waren. Seine Chancen auf den Sieg wurden beim Agent Fowler Silas von seiner zentrale lang genug für Optimus abgelenkt, eine Reihe von Gegenangriffen zu starten, die mit Nemesis Prime endete brechen durch das Dach des wo Silas und die Kontrollen wurden gesichert. Fowler hatte Optimus das Gebiet zu verlassen, bevor das Militär kam. Zurück an der Basis Ratsche geheilt Optimus Seite und Fowler erklärte ihnen, dass sie keine Spur von Silas finden konnte.
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